Για τη γέμιση
Ζεσταίνουμε σε μια κατσαρόλα το ελαιόλαδο και σοτάρουμε τον κιμά μέχρι να ροδίσει γύρω στα 6 λεπτά.
Προσθέτουμε το κρεμμύδι, το καρότο και σοτάρουμε για άλλα 4-5 λεπτά.
Βάζουμε το σκόρδο και έπειτα από 1 λεπτό ρίχνουμε τον πελτέ. Τον τρίβουμε με μια ξύλινη κουτάλα στη βάση του σκεύους, για 1 λεπτό, να βγάλει το άρωμά του.
Ρίχνουμε τη δάφνη και το θυμάρι.
Σβήνουμε με το κρασί, αλατοπιπερώνουμε και αφήνουμε τον κιμά σκεπασμένο σε μέτρια προς χαμηλή φωτιά για 15-20 λεπτά, να πιει τα υγρά του.
Αποσύρουμε το σκεύος από την εστία και αφήνουμε να πέσει λίγο η θερμοκρασία.
Προσθέτουμε τους κρόκους και το τυρί ανακατεύοντας.
Αφήνουμε να κρυώσει λίγο για να γεμίσουμε πιο εύκολα τα κανελόνια.
Για την κρέμα
Σε μια κατσαρόλα βάζουμε το γάλα, το κορν φλάουρ, το βούτυρο, το αλάτι και το μοσχοκάρυδο. Ανακατεύουμε πριν ζεσταθεί το γάλα.
Δένουμε το μείγμα σε μέτρια φωτιά, ανακατεύοντας τακτικά για να μην κολλήσει. Στο τέλος αλατοπιπερώνουμε.
Αποσύρουμε από την εστία και αφήνουμε λίγα λεπτά να πέσει η θερμοκρασία.
Ένσωματώνουμε το αυγό, το γιαούρτι και τα τυριά ανακατεύοντας.
Προθερμαίνουμε το φούρνο στους 200ºC.
Απλώνουμε 1 κ.σ. τριμμένη ντομάτα σε ένα πυρίμαχο σκεύος και προσθέτουμε 2 κ.σ. κρέμα.
Γεμίζουμε τα κανελόνια με το μείγμα του κιμά και τα αραδιάζουμε στο σκεύος.
Τα καλύπτουμε με την υπόλοιπη τριμμένη ντομάτα και την υπόλοιπη κρέμα.
Σκεπάζουμε το ταψί με αντικολλητικό χαρτί και ψήνουμε στη μεσαία σχάρα για 30 λεπτά.
Αφαιρούμε το χαρτί και αφήνουμε το φαγητό στο φούρνο για 15 λεπτά ακόμα, μέχρι να ροδίσει όμορφα η επιφάνειά του.